Cerita game ini berselang 3 tahun dari seri pertamanya dengan setting tempat yang bernama City-State of Jownston (tempat ini juga disebutkan di game pertamanya). Game ini terfokus pada 3 tokoh utama qta, yaitu Riou, Jowy dan Nanami. Ketiganya merupakan sahabat dekat dari kecil, apalagi Riou dan Nanami adalah saudara angkat. Pada awalnya, Riou dan Jowy yang tergabung dalam Unicorn Youth Brigade Army (kayak wajib militer gitu..) di Highland(negaranya) , tiba2 saja diserang secara mendadak oleh State Army (musuhnya). Padahal kedua negara itu baru saja menandatangani persetujuan damai. Ternyata serangan oleh State Army tersebut hanyalah strategi Prince Luca Blight(villainnya) , salah seorang pangeran dari Highland, yang berniat untuk menguasai Jownston dan menjadikan daerah tersebut di bawah kekuasaan Kingdom of Highland. Diantara teman2 sekelompoknya yang terbunuh, hanya Riou dan Jowy yang selamat dengan cara melompat ke air terjun.
Selanjutnya untuk menghilangkan saksi, Riou dan Jowy dituduh sebagai mata-mata dari State dan diancam dengan hukuman mati setelah mereka ditemukan di kota asal mereka di Kyaro. Bahkan Nanami juga ikut dihukum karena mendukung Riou dan Jowy. Namun beruntung Viktor dan Flik (mercenary/ tenyara bayaran) menyelamatkan Riou, Jowy dan Nanami. Ancaman Highland tidak hanya sampai situ, karena Luca Blight terus membakar desa2 yang mereka lewati. Pada saat Riou cs berusaha kabur dari Highland setelah tempat Mercenary Fortess milik Viktor telah jatuh ke tangan Highland, takdir membawa mereka menuju sebuah shrine dimana disitu terdapat Rune of the Beginning yg telah terbagi 2 menjadi: Bright Shield Rune yang menjadi milik Riou dan Black Sword Rune yang menjadi milik Jowy. Kedua pemilik Rune itu akan ditakdirkan untuk bertarung satu sama lain bila tidak berhasil menyatukannya.
Itulah sepintas story dalam Suikoden II ini. Yang pasti, ciri khas dari game ini yaitu perekrutan tokoh hingga 108 karakter !! sangat asyik kann???!! Namun di game ini terdapat lebih dari 108 karakter yang bisa direkrut. Tergantung pada pilihan kita.
memang grafisnya cukup..err...jadul.. tapi!!
Ceritanya itu lho.. menyentuh...gimanaa,.. gitu..mungkin kalo ada waktu kamu bisa mainkan...OK?